Nell´"Estimo" delle chiese lucchesi del 1260 figura un S. Cristoforo di Capraia registrato nel piviere di Fosciana. Il presbitero di Capraia è del resto elencato già nel 1236 nel primo documento che dà notizia dell´elezione del pievano di Pieve Fosciana da parte del clero plebanale.
Nella località di Capraia - in età medievale castello fortificato, distrutto nella prima metà del Trecento nel corso delle lotte tra pisani e lucchesi - un romitorio intitolato ai Ss. Jacopo e Cristoforo è in effetti ricordato sin dal 1168.
Una chiesa con la stessa titolazione risulta "destructa" nella "Visita Pastorale" della diocesi di Lucca dell´anno 1467, ma poi torna ad essere menzionata fino al 1658.
Nel 1716 ad essa viene aggiunta la titolazione attuale di S. Maria, derivante da un preesistente santuario di cui resta tuttora il campanile cinquecentesco. Già in antico parrocchia autonoma, poi unita a Sillico, Capraia passò a far parte della nuova diocesi di Massa nel 1822 ed è stata reintegrata nelle pertinenze della diocesi di Lucca solo nel 1992. La chiesa attuale è stata riedificata nel 1871 su disegno del Conte G. Carli